Clôture de l’instruction
L’instruction prend fin avec par l’abandon des poursuites ou par la saisine de la juridiction compétente. Le juge d'instruction doit en aviser les parties
Il revient au juge d'apprécier le moment de la clôture. Pour ce faire, il demande l’avis des parties (par divers moyens : lettre recommandée, émargement au dossier…), du témoin assisté ainsi que de l’avocat, qui disposent d'un délai de trois mois (ou un mois sir la personne mise en examen est détenue) pour formuler des demandes d’actes, d’annulation, etc. A l’expiration du délai, les parties et le procureur de la République disposent d'un mois pour adresser leurs réquisitions ou observations.
A l'issue du délai d'un mois (ou de 10 jours lorsque la personne mise en examen est détenue), le juge d’instruction rédige une ordonnance de règlement destinée à clore l’instruction, et à prononcer une décision concernant la suite des évènements. Les ordonnances comportent les noms, prénoms, date, lieu de naissance, domicile et profession de la personne mise en examen ; elles contiennent également la qualification légale des faits qui lui sont imputés, et les motifs qui permettent de conclure qu’il existe des charges suffisantes contre la personne. Ces ordonnances sont notifiées à la personne mise en examen, à la partie civile et au témoin assisté (et à leurs avocats respectifs).
L'instruction peut donc mener à la rédaction d'une ordonnance qui conduit à la libération du mis en examen ou au contraire à son jugement devant la juridiction compétente.
Ordonnance de non-lieu
Cet acte conduit à l’arrêt de toute poursuite ; l'ordonnance de non-lieu est rédigée lorsque les charges contre la personne sont insuffisantes, ou lorsque les faits ne sont pas constitutifs d’une infraction, ou si l’auteur n’est pas retrouvé, ou encore s’il existe des faits justificatifs. La décision pourra donner lieu à publication.
Si l'information avait été ouverte sur constitution de partie civile, le juge peut sanctionner son caractère abusif par une amende civile.
Un non-lieu partiel peut également être prononcé dans certains cas, ce qui conduit le mis en examen a être libéré. La décision peut faire l'objet d'une publication afin d'affirmer publiquement l’innocence de la personne.
Ordonnances de renvoi
Cette décision est prise lorsque le juge d’instruction détermine le caractère délictuel ou contraventionnel des faits (et lorsque les faits sont bien constitutifs d’une infraction, et que la personne poursuivie est bien l’auteur des faits). Elle a pour effet de renvoyer la personne devant la juridiction compétente.
En matière de contravention, le juge d'instruction rend une ordonnance de renvoi devant le tribunal de police ou la juridiction de proximité.
En matière de délits, il s'agit d'une ordonnance de renvoi devant le tribunal correctionnel. Si la personne faisait l'objet d'un contrôle judiciaire, d'une détention provisoire ou d'une assignation à résidence sous surveillance électronique, ceux-ci prennent fin. Les personnes mises en examen ainsi que la partie civiles peuvent interjeter appel de ces ordonnance de renvoi si elles considèrent que les faits constituent un crime.
En matière de crime, le juge rend une ordonnance de mise en accusation. Cette décision entraîne le renvoi du mis en examen devant la Cour d’assises.
Depuis la loi du 15 juin 2000, le juge d’instruction peut mettre en accusation la personne (fin du double degré d'instruction). Aussi, l’appel a été instauré en matière criminelle, et le double degré, supprimé.
Une fois sa décision de mise en accusation prise, le juge d’instruction communique le dossier au procureur de la République qui le transmet ensuite à la Cour d’assises. L’ordonnance sera lue à l’audience de la Cour d’assises.
Lorsque le juge a pris sa décision, il peut décider de maintenir l'intéressé en détention provisoire. Le prévenu sera remis en liberté si le tribunal correctionnel n'a pas commencé à examiner au fond dans un délai de 6 mois.